《中国湖泊志》共分为两篇。第一篇是中国湖泊总论，按照学科的研究内容。分章论述了中国湖泊概况，湖泊成因，湖泊沉积等；第二篇是中国湖泊分论，按照湖泊的地理分布特征，依次以东部平原、蒙新高原、云贵高原、青藏高原和东北平原与山区5个区域，以每个湖泊为单元进行扼要记述。