进化动力学

• closer2sky

  2014-01-12
  生命体内大多数细胞都在不断接收其他细胞发出的再确认信号，这些信号能够告诉它们其运作是否正常。如果这些信号没有成功到达，则一个细胞会按照缺省指令进行自杀。细胞凋亡是一种对癌症的防御机制。一旦出现差错，细胞就会执行“自杀指令”。癌细胞就是指那些能从细胞凋亡的控制中叛逃出来的细胞。
• closer2sky

  2014-01-12
  “步行者（walker）”代表了一种由10个合作者组成的结构。当3/2<b<5/3时，这个合作者团体将在背叛者占主导的领域内英勇前行。单个步行者无法扭转局面，但如果两个步行者发生撞击，就会在背叛者领域内引发合作大爆炸。
• closer2sky

  2014-01-12
  当合作者以聚集块形式出现时，就可以入侵背叛者。不规则网格能简化动力学复杂性。
• closer2sky

  2014-01-12
  星状图、超星图和漏斗图是选择放大器。
• closer2sky

  2014-01-09
  自从生命起源开始，在种群中固定下来的绝大多数突变确实是中性的。仅在极少数情况下，有利突变发挥作用。如果有限种群由不同类型的个体组成，那么在没有突变的情况下，最终只有一种类型会保留下来，其他类型将全部灭绝。即使在所有个体适应度都相同的情况下亦是如此。
• closer2sky

  2014-01-09
  即使在一个无限大的种群中……也不能保证一个有利突变最终将占据整个种群……在随机背景下，无论种群大小N多么大，突变灭绝的风险始终存在……我们也可以问：适合度为r的突变在其以1/2的概率占据整个种群之前会出现多少次？
• closer2sky

  2014-01-09
  总之，在包含大量背叛者的群体中，TFT策略最能激发合作。然而一旦合作建立起来，TFT策略决不宽容的报复行为将导致其彻底垮台。宽容的策略，如GTFT策略或WSLS会取代TFT策略。不过，GTFT策略种群能够转向无条件合作，从而使背叛者有机可乘。而WSLS策略能够稳定地抵制向ALLC的中性漂变，同时也能够抵制ALLD的入侵。事实证明，WSLS并非一个傻瓜策略。我们偶尔会观察到WSLS被战胜的进化轨迹；但是，其中蕴含的进化机制尚不完全清楚。
• closer2sky

  2014-01-09
  大多数情况下，你将观察到以下情形。很多策略趋于消失，最具合作性的策略最先灭绝。一段时间过后，只剩下一个策略。它正是与ALLD策略最为相似的一个策略。然而在某些情形下，会出现一些特殊情况。假设最初的策略总体中包含一个接近TFT策略的策略，这可能出于偶然或者出于特定设计。起初仍有向ALLD进化的趋势。但当几乎所有策略都灭绝后，只剩四面楚歌的少数类TFT策略个体和强大的ALLD群体进行较量。报答者的频率突然增加，背叛者的频率降低。但是TFT策略占优的好景不长，辉煌时刻如同昙花一现。TFT策略很快就被接近于p=1，且q=1/3的策略取代。这是选择动态的结局。
• closer2sky

  2014-01-09
  在有限种群中，TFT策略会随机漂变为ALLC策略。
• closer2sky

  2014-01-08
  准种方程描述了种群在序列空间中的动态。准种能“感受”到适合度景观山脉上的梯度，它试图向山上攀爬并努力到达局部或全局的最高峰。
• closer2sky

  2014-01-08
  准种是在突变-选择过程中产生的相似基因组序列的全体。
• closer2sky

  2013-12-12
  读者需要始终牢记一点：种群是任何进化过程的基础。个体、基因和思想都会随着时间的推移而改变，而种群才是任何进化过程的最根本基础。
• mmm

  2012-12-18
  evolutionary game dynamics arise whenever the fitness of an individual is not constant but depends on the relative abundance(=frequency) of others in the population.
• mmm

  2012-12-18
  The main ingredients of evolutionary dynamics are reproduction, mutation, selection, random drift, and spatial movement. Always keep in mind that the population is the fundamental basis of any evolution. Individuals, genes, or ideas can change over time, but only populations evolve.
• 一个劳动人民

  2012-02-23
  我们可以推断出：选择并不会总青睐于最适者。对于任意给定的一个突变率来讲，选择有利于平均适合度最大的平衡分布（准种）。这里“最适者选择”被“准种选择”所取代。
• 一个劳动人民

  2011-12-06
  差分方程和微分方程之间的差异源于对世代时间分布的不同假定。差分方程假定每次细胞确切的发生在20min之后。而微分方程则假定每次细胞分裂发生的时间间隔服从期望为20min的指数分布。该指数分布的定义如下：细胞分裂发生在0到τ时刻之间的概率为1-exp(-rτ)平均而言，细胞分裂的时间间隔是1/r
• 一个劳动人民

  2011-12-03
  与此同时，家畜育种家们的工作也受到了他的极大关注。他不仅分析了育种家们所使用的方法，还研究了相关结果。慢慢地，他意识到，自然界就好比一个巨型饲养员。
• closer2sky

  2014-01-13
  学习过程包括归纳和推理。学习者在得到数据后，必须要推断出生成这些数据所遵循的规则。“学习”和“记忆”之间的区别在于是否具有超越自己以往经验对新环境进行归纳的能力。在具体语境中，孩子会归纳出以前他从没未听过的新语句。任何一个人都可能创造和理解不在他原有语言体系里的句子。学习理论描述了学习的数学原理，描述了进行成功归纳所需要的条件。
• closer2sky

  2014-01-13
  天使拜访一位哲学家，并提出：“您可以问上帝一个问题。”哲学家激动不已，非常想把握住这次机会。几天过后，天使返回，哲学家已经准备好了问题：“我想要知道的问题是：我所要提的问题最有可能是什么？答案又是什么？”天使到了上帝那里。上帝思考了一下。天使又回到哲学家那里说：“你最有可能提出的问题就是你已经问了的问题，答案就是我现在给你的回答。”
• closer2sky

  2013-12-13
  根据简单的规则可能产生复杂的行为。也就是说，生物学中大量的时间序列数据所呈现出来的明显的复杂性和不可预测性，原则上都是遵循确定性法则变化的结果……