《日本的选择》内容主要由三部分构成：第一，对“国家利益”从学理的角度进行阐述。第二，国家利益和权力的辩证关系，以及当前世界上主要大国围绕国家利益和权力政治的代表性主张，以及大国间利益冲突的根源。第三，当前日本的“国家利益”所面临以及可能面临的挑战，日本应该如何处理同中国、美国、俄罗斯等国家之间的关系。