《晚明清初思想十论（增订版）》所收的论文大抵集中在晚明到清初这一段，它们基本上与“明清思想的转型”这一个大论述息息相关，但是作者刻意挖掘前人所忽略的问题，故书中所处理的人物、材料、主题，不一定都落在一般熟习的论述范围之内。由它们可以看出整个“明清思想转型”是一个内容非常复杂、成份非常多元的历史现象，由心学到考证学的转变只是其中一端而已。 《晚明清初思想十论（增订版）》所收文章大抵不只是就思想谈思想，而是尝试着将思想与其他历史因素结合起来考察，它们或为道德紧张感、或为知识社群的变动、或为时代心态、或为文人生活、或为地方社会、或为政治变动、或为官方正统意识形态等，对于思想史研究而言，收在《晚明清初思想十论（增订版）》中的文章是一些新的尝试。

增订版新增新序和三篇长文，呈现了作者对于明清思想转型较为系统的思考。