《潜流》共分4编：外交编、全球编、冲突编和理论编，前三编分别针对《中国可以说不》、《全球化阴影下的中国之路》、《超限战》提出批评，最后一编讨论如何建设健康的民族主义。《潜流》汇集了李慎之、马立诚、秦晖、朱学勤、刘军宁等众多专家学者的文章。这些文章针对狭隘民族主义提出了自己的独到的观点，都堪称经典之作。以马立诚的《对日关系新思维：中日民间之忧》为例，该文“一石激成千层浪”，引起极大争议。后来有人这样评价：“从2002年底开始一直持续至今的关于‘对日新思维’的大辩论，在改革开放以降的历史上，恐怕只有‘文化热’可以媲美。与‘非典’一样，‘新思维’是2003年的关键词。”……如果说以前都是张扬狭隘民族主义观点的书籍首先挑起话题，那这次，另一行要主动发出自己的声音。可以预料，这将再次跳起关于民族主义的大争论。

《潜流》对爱国主义的分类、民主与民族主义、自由主义与民族主义、人权与主权等众说纷纭的话题进行了详细的解说，称之为每一个爱国者的必读书并不过分。著名历史学家笑蜀在评价《潜流》的时候说：“在中国当代民族主义喧嚣热闹的表象背后，是实质内容的空洞。因为喧嚣热闹，所以裹挟众多；因为内容空洞，所以茫然无措，由此而带给我们的，是一种盲人瞎马的危险前景。《潜流》的意义就在于戳穿了热闹背后的空洞。”《青年参考》主笔黄章晋指出：“狭隘民族主义看到了真问题――开放时代的民族认同、全球竞争中的国家利益，却给出了错误的答案――仇恨、封闭与保守复古。”著名网络作家王小山更是直言不讳地说：“爱国主义不应成为丑陋行为的遮羞布，民族主义也不是流氓的避难所，该醒醒了！”